В 1862-1877 гг. в Восточном Туркестане произошли самые обширные по охвату территории восстания дунган и уйгуров против пинского господства. После подавления восстания в Синьцзяне начались переговоры России и Китая о возвращении Илийского края Китаю. Царские войска были выведены. Петербургский договор 1881 г. для жителей Илийского края предусматривал выбор китайского или русского подданства.
Переселение уйгуров и дунган в Семиречье началось осенью 1881 г. и продолжалось до 1884 г. Для 45 000 уйгуров и 5000 дунган новым местом обитания стал Семиреченский край и Северный Киргизстан.
В хозяйстве переселившихся в Семиречье уйгуров и дунган преобладало земледелие. На тютюн (семью) нарезали по 5-10 десятин земли. Доминирующей культурой у дунган стал рис.
Мусса бен Лиса Сайрами обобщил духовный опыт своего народа в книге под названием «Двенадцать Мукамов», которая вышла в 1905 г. в Казани.
Ученые Шокан Уалиханов, В.И.Роборовский, Н.М.Пржевальский исследовали духовную культуру уйгуров.