Очень сложной и тяжелой оказалась проблема целостности многонациональной Российской Федерации. В результате долгих переговоров центральному правительству удалось уладить спорные вопросы с руководством национальных автономий, которые получили широкие права внутреннего самоуправления. Исключением стала Чечня — ее лидеры наотрез отказались от каких-либо компромиссов и в одностороннем порядке провозгласили полную государственную независимость своей республики.
Конституция РФ не предусматривает законной возможности такого государственного отделения, что дало центральным властям формальный повод применить силу (после провала переговоров и попыток свержения сепаратистского правительства силами чеченской оппозиции). В декабре 1994 г. в Чечню были введены войска. Однако армия встретила там ожесточенное сопротивление вооруженного ополчения и враждебное отношение значительной части населения.
Несколько недель продолжался кровопролитный штурм Грозного, прежде чем федеральным войскам удалось овладеть руинами города. В поле боя превратилась практически вся территория республики. Регулярная армия, не обученная ведений) антипартизанской борьбы, несла большие потери; применение тяжелых видов оружия приводило к многочисленным жертвам среди мирного населения. Психологический шок по всей России вызвали сопровождавшиеся массовым захватом заложников, террористические рейды чеченских полевых командиров в Ставрополье и Дагестан.
Затянувшаяся и бесперспективная война в Чечне поглощала огромные средства и ухудшала и без того непростую экономическую и социальную ситуацию в стране. В декабре 1995 г. выборы в Государственную думу принесли успех левой оппозиции — коммунистам и их союзникам; всё более жесткая критика раздавалась в адрес президента справа — из демократических кругов. В таких условиях началась первая в истории независимой России кампания по выборам президента.
После пяти лет нелегких реформ и драматических событий российские избиратели были поставлены перед выбором: продолжение проводимого Ельциным курса или отход от него под руководством президента-коммуниста. И выбор был сделан: 3 июля 1996 г. в борьбе с кандидатом блока левых сил Геннадием Зюгановым победу одержал Борис Ельцин, сохранивший пост главы государства на второй срок. Сразу после выборов начались серьезные переговоры с лидерами чеченских сепаратистов; военные действия были прекращены.