Во все эры и периоды развитие органического мира происходило в соответствии с геологическими и климатическими условиями Земли. С их изменением в процессе эволюции соответственно менялся мир животных и растений. Главным направлением органической эволюции был биологический прогресс, связанный с повышением организации от примитивных форм к более сложным, увеличением численности особей одного вида, расширением его ареала.
Биологический прогресс иногда основывается на морфофизиологическом регрессе (упрощение организации). Например, у паразитических червей и других форм упрощение организации привело к увеличению количества особей и расширению ареала. Наряду с прогрессом в природе происходит биологический регресс, связанный с уменьшением ареала, числа особей и видов. В итоге биологический регресс ведет к вымиранию видов. В настоящее время наблюдается биологический регресс плаунов, хвощей и других организмов. Человек, истребляя некоторые виды (бобр, морской котик и др.), ведет к сокращению их ареала.
Вопрос о путях и направлениях органической эволюции разработал советский ученый А. Н. Северцов. Он выделял три основных пути биологической эволюции.
Ароморфоз (от греч. «аро» — поднимать) — эволюционные морфофизиологические изменения, повышающие общий уровень организации и жизнеспособности. Ароморфоз всегда вел к биологическому прогрессу (возникновение полового процесса, фотосинтеза, многоклеточности и др.). Ароморфозы возникали при примитивности строения и многофункциональности органов организма (кистеперые рыбы, стегоцефалы, псилофиты) или в связи с крупными геологическими и климатическими изменениями, приводящими к резкому изменению среды обитания. В новых условиях возникшие у организмов ароморфозы давали им возможность выжить за пределами сферы обитания их предков (выход животных и растений на сушу, теплокровность у птиц и млекопитающих и др.). Ароморфозы приводили к образованию новых крупных систематических групп — типов, классов.
Идиоадаптация (от греч. «идиом» — разный) — это мелкие эволюционные морфофизиологические изменения, обеспечивающие приспособление организмов к определенным условиям среды обитания, не связанные с подъемом общего уровня организации и жизнеспособности. Они давали преимущества организмам лишь в конкретной среде обитания (скаты и камбалы перешли к донному образу жизни — у них сплюснутое тело, появилась покровительственная окраска и другие средства защиты от врагов). Идиоадаптации способствовали появлению более мелких групп — семейств, родов, видов.
Дегенерация — это эволюционные морфофизиологические изменения, ведущие к упрощению организма, к его морфофизиологическому регрессу (упрощение строения червей-паразитов, повилики и др.). У таких организмов в новой среде обитания возникали различные приспособления: присоски, крючки, высокая плодовитость.
Ароморфозы возникали сравнительно редко и всегда вели к появлению новых, более высокоорганизованных форм. Проникая в иную сферу, эти формы приобретали приспособительные изменения — идиоадаптации, которые обеспечивали полное обживание разнообразных условий обитания без повышения общего уровня организации. Иногда эволюция продолжалась путем дегенерации.