Постановления ЦК ВКП(б) 1946 г. о журналах «Звезда» и «Ленинград» положили начало новой волне репрессий против деятелей культуры и национальной интеллигенции. Постановления ЦК ВКП(б) подталкивали людей искать в своем окружении «врагов народа». Деятелям искусства, науки и литературы предъявлялись нелепые, необоснованные обвинения. Постановлением ЦК КП(б) Казахстана 1947 г. «О грубых политических ошибках в работе Института языка и литературы Академии наук Казахской ССР» запрещалось изучение духовного наследия казахского народа до октября 1917 г., особенно начала XX в.
Попытки изучения произведений культуры прошлых веков объявлялись политическими ошибками и искажениями националистического толка. Началась кампания поиска среди казахской интеллигенции «националистов» и «идеологов байского феодализма». Когда в Москве рассматривалось «Дело врачей», а в Ленинграде — «Ленинградское дело», в Казахстане приступили к политической акции, названной «Дело Бекмаханова».
Ермухан Бекмаханов — талантливый ученый, историк, один из основных авторов «Истории Казахской ССР», вышедшего в Алма-Ате в 1943 г. Объектом критики стали его монография «Казахстан в 20-40-е годы XIX века», и 14 глава «Истории Казахской ССР», которая содержала материалы о движении Кенесары Касымова. В.Бекмаханов дал положительную оценку восстанию Кенесары Касымова, за что назван буржуазным националистом и обвинен в антирусской пропаганде. В 1950 г. в газете «Правда» статья «За марксистско-ленинское освещение вопросов истории Казахстана» положила начало преследованиям Г.Бекмаханова В апреле 1951 г. ЦК КП(б) Казахстана обвинил Е.Бекмаханова в «буржуазно-националистических взглядах». Е. Бекмаханов был осужден на 25 лет лишения свободы в лагере.
В 1954 г. при содействии крупны ученых Москвы и Ленинграда Е. Бекмаханов был оправдан. В 40-50-е годы подверглись политическим преследованиям: А.Жубанов, К.Жумалиев, Б.Сулейменов, Е.Исмаилов, С.Кенесбаев, С.Муканов и др. Крупный ученый А.Маргулан обвинялся в антинаучных взглядах. Президент Академии наук КазССР К.Сатпаев, талантливый писатель Ю. Домбровский были вынуждены покинуть Казахстан. Известному писателю М.Ауэзову также пришлось искать убежище за пределами республики. Многие ученые в области биологии, медицины и геологии были объявлены «космополитами». Некоторые покинули научно-исследовательские учреждения и вузы республики. В 50-60-х годах репрессии по отношению к инакомыслящим несколько изменили методы: провинившихся исключали из рядов партии, увольняли с работы, а особо неугодных запирали в психиатрические лечебницы. Учитель русского языка из Восточно-Казахстанской области М.Еликбаев, написал письмо Н.С.Хрущеву о нарушениях прав личности, искажениях в области национальной политики (сокращении школ с казахским языком обучения). Его исключили из КПСС, отправили в психбольницу, а когда он объявил голодовку, насильно кормили через зонд. По сведениям Министерства здраво-охранения СССР, более 90 тыс. советских граждан были незаконно отправлены в психиатрические больницы.