Съезд народных депутатов и Верховный совет всё упорнее блокировали большинство важных решений исполнительной власти. Президентская команда вместе с представителями многих партий и общественных организаций приступили к разработке новой Конституции, в которой уже не было места полновластным советам. Съезд попытался отрешить президента от должности, но набрать необходимое для этого большинство голосов депутатам не удалось.
В апреле состоялся всенародный референдум о доверии президенту и Съезду. В список вопросов депутаты добавили самый больной пункт — об отношении избирателей к проводимой экономической политике. Результаты референдума оказались для многих неожиданными: доверие было выражено и президенту, и Съезду, и при этом большинство проголосовало за одобрение экономического курса, несмотря на все его тяготы (которые, однако, уже стали компенсироваться полными — как никогда не было при «социализме» — прилавками). Мнение населения было выражено достаточно ясно — гражданский мир, сотрудничество властей и продолжение рыночных реформ. Однако, как показали дальнейшие события, примирение советов и президента на основе продолжения реформ оказалось невозможным. Обе стороны готовились к решающей открытой схватке за власть.
В сентябре в своем выступлении по телевидению Ельцин заявил о прекращении полномочий Съезда народных депутатов и о будущем всенародном референдуме по принятию новой Конституции (до ее утверждения временно вводилось прямое президентское правление). Большинство депутатов отказались сложить свои полномочия, президент Ельцин был объявлен низложенным, в здании Верховного совета — Белом доме — началось вооружение его защитников. Резиденция Верховного совета была окружена цепью невооруженных милиционеров. Противостояние в центре Москвы чуть не вылилось в гражданскую войну.
3 октября сторонники советской власти прорвали оцепление, захватили соседнее здание столичной мэрии; довольно многочисленный отряд приверженцев советов попытался с боем захватить телецентр в Останкине. Не менее многочисленные сторонники президента окружили баррикадами центр города, всю ночь жгли костры, готовясь отразить атаку своих политических оппонентов. Под утро 4 октября в город вошли армейские части; Белый дом был блокирован и в упор расстрелян из танковых орудий. Так, через 76 лет после большевистского переворота, советская форма власти в России была свергнута.
Принятая на референдуме новая российская Конституция закрепила разделение законодательной, исполнительной и судебной властей. Установленная ею политическая система напоминает дореволюционную — Государственная дума, принимающая законы и бюджет, Совет Федерации из представителей областей и автономий, утверждающий решения Думы, и президент, имеющий возможность не утвердить решение нижней палаты парламента. Вполне в российских традициях и широкие полномочия сильной исполнительной власти.
Экономические трудности и недавние кровавые события в столице сказались на результатах первых выборов в Государственную думу: партия власти не сумела набрать большинства мест в российском парламенте. Однако в рамках новой Конституции конфликты между президентом и законодателями при контроле со стороны Конституционного суда уже не могли быть столь разрушительными для молодой российской государственности. Немаловажную роль в укреплении демократических порядков стала играть и свободная пресса, ежедневно выносящая на общественный суд самые разные мнения буквально по всем вопросам.