После смерти Касыма политический кризис длился 15 лет. Казахское ханство ослабело. После смерти хана Касыма политику объединения казахских племен продолжил возглавивший Казахское государство сын Касыма — хан Хакназар (1538-1580 гг.).
Он сумел установить тесные связи с Ногайской Ордой, Сибирским ханством, ханством Шайбанидов. Внутренниенние междоусобицы привели в середине XV века к распаду Ногайской Орды, занимавшей огромные просторы между Волгой и Уралом. Хакназар присоединил к себе большинство племен Ногайской Орды (вошедшие в союз алшынов Младшего жуза). Он принудил ногаев, имевших намерение войти в состав Русского государства, перекочевать на запад, к Дону. Российское государство в 1552 году присоединило к себе Казанское ханство, в 1556 году — Астраханское и Крымское ханства Распад Ногайской Орды придвинул границы Русского государства к Казахскому ханству.
В 1569-1573 годах в Казахском ханстве побывали русские послы Семен Мальцев и Третьяк Чебуков. При хане Хакназаре были налажены торговые связи и политические отношения с Москвой. Направив к Хакназару послов. Иван Грозный поручил им заключить с Казахским ханством военный союз для борьбы с сибирским ханом Кучумом. Хан Могулистана Абд ар-Рашид в 1550-60-е годы не раз воевал с Казахским ханством с целью захватить Жетысу и Иссык-Кульский регион. Неудачи в войне с Могулистаном, беспрерывные нашествия ойратов привели к постепенной потере ханом Хакназаром большей части Жетысу.
В середине XVI века участились набеги Сибирского ханства и Могулистана на казахские земли. Было решено нормализовать отношения с давними противниками — потомками хана Шайбани. Хан Бухары Абдаллах и хан Хакназар заключили «клятвенный союз» о мире. Оживились торговые отношения между казахами и узбеками. В борьбе между ханом Бухары Абдаллахом и Баба-султаном, владевшим Ташкентом, Хакназар оказывал поддержку то одному, то другому, чтобы ослабить обоих. Абдаллах за помощь подарил Хакназару несколько владений в Туркестанском регионе, а Баба-султан — Туркестан и Сауран. Узнав о намерении казахских султанов снова поддержать Абдаллаха, Баба-султан убил хана Хакназара и всех его родственников.