В середине X века в Жетысу и Восточном Туркестане было создано государство Караханидов. Столицей стал город Баласагун. Основатель государства — Сатук Богра-хан. Приняв ислам и пользуясь поддержкой династии Саманидов, он одержал победу над Огулшаком, правившим Таразом и Кашгарией, и подчинил их себе. Особую роль в создании государства сыграло племя карлуков. Помимо выходцев из этого племени правителями избирались также выходцы из племен ягма и жикил. Верховная власть находилась в руках хакана (кагана), передавалась по наследству. Потомки хакана — тегины. Власть осуществлялась по удельному принципу. Советники хакана — везиры. Ставка хакана — орда. Одной из разновидностей землевладения была икта — земельный надел, пожалованный хаканом. Владельцы икты — иктадары — обязаны были собирать налоги и нести военную службу. Земельные наделы, выделенные священнослужителям и религиозным учреждениям, — вакф.
С них налоги не взимались. В оседлых районах основным видом угнетения мелких крестьян являлся сбор налогов с <span»>их удельных земель. В арабских и персидских источниках таких земледельцев именовали музари или барзигары. Другой разновидностью гнета в период государства Караханидов была коммендация. Мелкие собственники передавали землю под покровительство богатых землевладельцев, за что платили налоги. В 955 году к власти пришел сын Сатука Богра-хана Муса.
С целью укрепления власти в 960 году он объявил ислам государственной религией. Столицей стал город Кашгар. Второй сын Сатука Богра-хана Сулейман-илик, правитель Баласагуна, тоже объявил себя хаканом. После смерти Мусы титул хакана перешел к Али Арагону. У потомков двух сыновей Сатука Богра-хана власть попеременно переходила из рук в руки. Хасан Богра-хан захватил Испиджаб, Бухару и Самарканд. Насыр ибн Али в 999 году подчинил столицу Саманидов — город Бухару.
Таким образом, Караханиды полностью захватили Мавераннахр. Государство Караханидов состояло из Восточного и Западного ханств. Восточное включало Жетысу и Восточный Туркестан, столицей был город Орда близ Баласагуна, а позднее — Кашгар. К Западному ханству относился Мавераннахр, столицей был Узгенд, а затем Самарканд. Восточное ханство считалось основной частью государства Караханидов. Поэтому его хан считался великим хаканом. Борьба за власть между правителями двух владений все более ослабляла государство. Сельджукский султан Малик-шах в 1089 году захватил столицу Западного ханства Самарканд, а затем — Бухару. Он не вмешивался в систему управления государством Караханидов, назначая ханами тех, кто беспрекословно выполнял его указания.
В 30-х годах XII века с востока в Жетысу вторглись войска каракитаев. В Катуанской степи близ Самарканда они разгромили войска сельджуков и Караханидов. Каракитаи захватили Бухару вместе с центральной частью Мавераннахра Каракитаи также не внесли каких-либо изменений в систему управления государством Караханидов. Но они назначали ханами преданных им людей и власть осуществляли через них. Государство Караханидов попало в прямую зависимость от каракитаев. Усилившееся государство Хорезм нанесло удар по каракитаям и в 1212 <span»>году хорезмский шах Мухаммед захватил западную часть государства Караханидов. Тем временем Восточное ханство захватывает найманский хан Кучлук. Занимались скотоводством и земледелием. Юсуф Баласагуни писал, что основной вид хозяйства — коневодство. В период государства Караханидов за счет обедневших скотоводов и земледельцев увеличилось количество городов и численность их населения. Распространение ислама как государственной религии внесло изменения в развитие городской архитектуры — стали возводиться купольные мечети. Среди них мавзолеи Айша-Биби, Бабаджи-Хатун. Особенностью государства Караханидов было строительство в городах множества бань.