В 20-х годах XIX в. часть Старшего жуза и кожные области Среднего и Младшего жузов находились под управлением кокандских и хивинских беков. В 20-30-х годах XIX в. Хивинское ханство возвело в низовьях Сырдарьи ряд крепостей. Хивинские походы нарушали мирную жизнь, а грабеж караванов отрицательно сказывался на экономике, вызывая протест населения. Недовольство усиливалось также в связи с изъятием земель для создания приказов в новых округах по Уставу 1822 г. Борьбу казахов за свои права возглавил один из внуков хана Абылая — султан Саржан Косымулы.
В Ташкенте, в 1836 г. Саржан по приказу кокандского бека был убит. Создание Новоилецкой военной линии привело вытеснению казахов и послужило причиной восстания под предводительством бия Жоламана Тиленшиулы. Главной целью восстания был возврат захваченных земель. Эти восстания сыграли роль в назревании самого крупного народного восстания, охватившего в 3040 года XIX в. территорию Казахстана Его возглавил Кенесары Касымулы (1802-1847 гг.) — внук хана Абылая, сын Касыма — Торе. Главная цель восстания — сохранение независимости не вошедших в состав царской России земель Казахстана, прекращение колонизации. Кенесары преследует и другую цель — освободить казахов из-под власти кокандцев. На взгляды Кенесары оказал влияние отец султан Касым. Касым в своих письмах императору России и высшим чинам, просил не менять политический строй казахов, не покушаться на вольность народа, ликвидировать округа и приказы. Правительство не реагировало на его просьбы. Касым с 40 000 семей сторонников откочевал к границам Кокандского ханства, где погиб в 1836 г. от рук ташкентского правителя.
Восстание Кенесары Касымулы охватило почти весь Казахстан. Главной движущей силой восстания были свободные кочевники. Участие всех трех жузов придало движению национально-освободительный характер. Участию крупных представителей аристократии в восстании объяснялось их желанием использовать недовольство народа для возвращения привилегий и власти. Верными сподвижниками Кенесары, были его младший брат Наурызбай и сестра Бопай. В Кушмурунском, Кокшетауском, Акмолинском, Каркаралинсксом, Баянаульском округах в восстании участвовали более 80 султанов, биев и старшин. Среди предводителей отрядов были известные батыры: Агыбай, Иман, Жоламан Тиленши. Бухарбай, Бугыбай, Ангал, Жеке, Басеит, Сураншы. Участвовали и русские, Узбеки, киргизы. В ноябре 1837 г. Кенесары Касымулы оказал открытое сопротивление, напав на казаков Актауской крепости, сопровождавших караван из Петропавловска 26 мая 1838 г. отряды Кенесары захватили и сожгли Акмолинскую крепость. Летом и осенью 1838 г. основная часть Среднего жуза была объединена под знаменем Кенесары. С осени 1838 г. движение распространилось на Младший жуз. К восстанию примкнул бий Жоламан Тиленшиулы. В августе 1841 г. войска Кенесары направились в Ташкент, но болезнь сарбазов остановила поход. Восставшие осадили крепости кокандцев Созак, Жанакорган, Жулек и Ак Мечеть.
Осада Созака и взятие нескольких крепостей вдохновили восставших, в 1841 году они избрали Кенесары ханом. Кокандский хан предложил заключить союз, но Кенесары отказался. В подавлении восстания участвовали губернатор Оренбургского края генерал В.А.Обручев, Сибирский генерал-губернатор князь В.Д. Горчаков. В июне 1843 г. царь Николай I разрешил направить для подавления восстания отряд войскового старшину Лебедева в составе 300 казаков. В августе 1843 г. в Омске и в районе Каркаралы была создана вторая группа карателей в 5000 человек во главе с султаном Ахметом Жантореулы, Баймагамбетом Айшуакулы, полковником Геке и Бизановым. Сражение в начале августа 1843 г. окончилось безрезультатно. Восставшие отступили. В ночь с 20 на 21 июля 1844 г. восставшие разгромили отряд Жантореулы, погибли 44 султана, выступивших вместе с карателями. Успехи борьбы в 1844 г. вынудили Оренбургскую администрацию начать переговоры. Кенесары требовал ликвидации окружных приказов, восстановлений самостоятельности Казахстана периода Абылай хана, прекращения сбора податей. В конце 1844 г. Кенесары было вручено письмо Оренбургского губернатора Обручева. В 1845 г. к Кенесары прибыло посольство Долгова и поручика генерального штаба Герна. Требования царских послов — оставить Казахстан в прежнем положении. Кенесары запрещалось поддерживать дипломатические связи с другими странами. Признание Оренбургского края частью Российской империи выдвигалось как главное условие прощения участников восстания. Переговоры прервались. Летом 1845 г. царское правительство продолжило строительство крепостей по рекам Ыргыз и Торгай, игнорировав протесты Кенесары. Кенесары попросил старшин племени адай и бухарского эмира выделить ему земли для постоянного обитания. Кенесары провел совещание родоправителей, батыров и султанов, на котором был рассмотрен план восстания и возможность обращения за помощью к Китаю. Принято решение отступить на юг из-за усиления военных действий правительства. Решение Кенесары откочевать из Сары-Арки в Старший жуз было вызвано тем, что он в свое время оказал помощь казахским родам в борьбе за их освобождение из-под власти Кокандского ханства и теперь рассчитывал на их поддержку.
Против шаруа, не желавших оставить родные земли, а также на решивших отойти от восстания людей начались гонения, разгромы аулов людьми Кенесары. Государство, организованное Кенесары, было феодальным. Хан и его социальная опора (аристократия) рассматривали всю казахскую землю как свою собственность. Кенесары в основном опирался на биев, старшин и батыров. Ханский совет Кенесары, состоял из его близких родственников, биев, батыров и султанов. Власть была сосредоточена в руках самого хана Кенесары взамен суда биев ввел ханский суд. Специальная группа занималась финансовыми вопросами. Существовала группа служащих, которые приводили в порядок сбор таможенных пошлин и налогов с торговых караванов. Раздел и распределение скота и имущества крупных феодалов находились в руках помощников Кенесары. Управление, созданное Кенесары, контролировало выполнение поручений и ведало сбором налогов. Специальный орган отвечал за распространение и разъяснение обращений предводителя восстания. Кенесары поддерживал переход к земледелию. Это объясняется разрывом связей с русскими крестьянами и среднеазиатским рынком и трудностями в снабжении хлебом восставших аулов. В связи с военными действиями свободный проход караванов по степи был затруднен. Был нанесен урон торговым связям купцов из Оренбурга, Петропавловска и Семипалатинска со Средней Азией и Восточным Туркестаном.
Кенесары искоренял барымту (угон скота). Отряды, возглавляемые батырами и толенгитами, формировались в основном из числа добровольцев. Достигая 20 000 человек, восставшие представляли внушительную силу. В войсках Кенесары была установлена жесткая дисциплина за предательство полагалось одно наказание — смерть. Откочевка Кенесары на юг вела к столкновению с Кокандским ханством. Взятие восставшими в 1845 г. крепостей Созак, Жулек и Жана-Корган, движение Кенесары на Ташткент вызвали страх правителей Коканда. Положение Кенесары затрудняло оглашение между Бухарой и Кокандом против восставших. Войска Кенесары были неоднозначно встречены и казахами Семиречья. Правители главных родов Семиречья склонялись к России. В 1846 г. в Семиречье с военной миссией прибыл председатель Пограничной комиссии генерал-майор Н.Ф.Вишневский, чтобы вместе в родоправителями выработать меры по ослаблению восставших. Кенесары предложил киргизским манапам объединить усилия против Кокандского ханства, но не получил согласия.
В 1847 г. Кенесары вторгся в киргизские земли. Восстание утратило антиколониальный характер. В местечке Майтобе Кенесары был окружен и погиб. Подобный трагический конец восстания Кенесары Касымова был предрешен рядом факторов. Война с киргизами носила братоубийственный характер. Часть казахов отказалась от поддержки Кенесары. Он остался лишь с преданными ему людьми, которые шли за ним и с пониманием отнеслись к трудностям, которые они переживали. Накануне сражения его оставили воины султана Рустема и бия Сыпатая. Кенесары был глух к предложениям своих советников, которые пытались отговорить его от нападения на кыргызов, и непоколебимо шел навстречу своей гибели. Поражение восстания обусловили разобщенность казахов. Жестокость Кенесары в отношении аулов, не поддержавших его, оттолкнула часть восставших. Кенесары Касымулы вел борьбу с Бухарой и Кокандом, но не смог создать коалицию против России. Это было самое крупное восстание против колониального гнета, охватившее все три жуза.