После смерти Абулхаира ханом Младшего жуза был избран его сын Нуралы, а часть Младшего жуза возглавил султан Батыр. Нуралы отправил в Петербург султана Жанибека, его задача заключалась в признании Россией факта избрания ханом Нуралы. Российское правительство дало указание оренбургскому губернатору И. Неплюеву привести Нуралы к присяге, что и произошло 10 июля 1749 г. В Младшем жузе утвердилось два хана: в северо-западной части — Нуралы, а в северо-восточной — Батыр. Россия поддерживала связи только с Нуралы.
Противоречия между двумя ханами оренбургское начальство использовало для укрепления влияния России в регионе. В 1735 г. башкиры выступили против колониальной политики России. Чтобы спастись от карателей, 50 000 башкир перекочевали в Младший жуз. Оренбургский губернатор И.Неплюев разрешил казахам любые действия по отношению к беженцам. Но большая часть с пониманием восприняла обращение предводителя башкирских отрядов Батырши. Множество семей башкир нашли убежище в казахских аулах, несмотря на грозные предписания Оренбургской администрации, а позднее вернулись в родные места. На ситуацию в Казахстане и его взаимоотношения с Россией существенное влияние оказало ослабление и ликвидация Джунгарии.
После смерти видного полководца Галдан-Цэрэна (1745 г.) угроза порабощения казахских земель была устранена Однако в середине XVIII в. джунгары совершили ряд набегов на российские горнозаводские предприятия. Чтобы обезопасить заводы и рудники и продолжить освоение богатого природными ресурсами края, указом Елизаветы Петровны с 1747 г. все демидовские заводы и рудники были объявлены собственностью династии Романовых. Борьба за престол между наследниками Галдан-Цэрэна ослабила Джунгарию. Ситуацию использовал Китай. Весной 1755 г. маньчжуро-цинские войска нанесли джунгарам поражение. Амурсана пытался создать антиманьчжурский союз, но, потерпев поражение, он искал убежища у Абылая. В 1756-1758 гг. Джунгария была окончательно разгромлена, большая часть ойратов погибла, несколько тысяч бежали на Волгу к калмыкам.
В 1758 г. Джунгария прекратила существование как самостоятельное государство и в 1761 г. была превращена в Пинское наместничество Синьцзян. В середине 40-х — начале 50-х годов в Северо-Восточном Казахстане возникла линия укреплений, построенная с целью защиты казахов от джунгарских вторжений. После падения Джунгарии укрепления постепенно превращались в опорные пункты колонизации. В начале 50-х годов XVIII в. пограничная линия состояла из 3-х частей: Горькая, Иртышская, Колыванская линии. В связи с обострением джунгаро-китайских отношений, правительство решило построить Ишимскую (Пресногорьковскую) и Ново-Ишимскую линию. Самой крупной на Ново-Ишимской линии была Петропавловская крепость, основанная в 1752 г. Система укрепленных линий занимала наиболее плодородные земли и пастбищные угодья, нанося урон скотоводческому хозяйству и вытесняя коренных обитателей. После падения Джунгарии казахско-русские торговые связи стали налаживаться. Развитие караванной торговли зависело от политической ситуации, осложненной тем, что некоторые родоправители Младшего жуза уклонялись от принятия российского подданства Уменьшение площади и сокращение маршрутов кочевий казахских родов в ходе колонизации, угон скота волжскими калмыками и уральскими казаками вынуждали жителей Младшего жуза устанавливать торговые связи с Цинской империей. Одним из крупных центров торговли России с зауральской окраиной в это время становится Оренбург. В 1745-1759 гг. в Оренбург из Казахской степи привезено скота на 1 млн. рублей.
Во второй половине XVIII в. центрами казахско-русской торговли стали Ямышевская. Железинская. Омская. Семипалатинская. Усть-Каменогорская и Бухтарминская (основана в 1761 г.) крепости. Эти поселения в силу удобства географического положения становились центрами торговли. 60-е годы XVIII в. — период расширения казахско-русских торговых связей. Казахи подвластных султану Абулфеизу и султану Абылаю волостей чаще стали посещать Ямышевскую, Семипалатинскую крепости. В 60-70-х годах XVIII в. в Семипалатинске торговали 330 казахских купцов. Правительство приказало построить в крепостях мечети. Соленые озера Каткаман. Карасу превратились в центры обеспечения солью Западной Сибири и Средней Азии. Ежегодно в Екатеринбург Томск, Тобольск вывозилось 300 000 пудов соли. В 1766 г. по просьбе бухарских торговцев хан Абулмамбет получил согласие Екатерины II на свободную торговлю караванов в Семипалатинской и Ямышевской крепостях. Россия устанавливала ограничения на ввоз товаров, которые сама производила в достаточном количестве. Крупным торговым центром, в который приезжали купцы из Ташкента Бухары, Коканда, Кашгара, Екатеринбурга, Тюмени, Казани, был г. Петропавловск. Центрами торговли с Синьцзяном были Семипалатинская, Усть-Каменогорская и Бухтарминская крепости. Главным фактором, негативно отразившимся на развитии казахско-русской торговли, являлась политическая зависимость значительной территории Казахстана от России. В 50-60-х годах XVIII в. царизм в целях усиления зависимости Казахстана создал Уральское, Сибирское и Оренбургское казачьи войска Замысел правительства заключался в постепенном вытеснении местного населения и заселении освободившихся районов казаками. 2 сентября 1756 г. Оренбургская администрация официально запретила кочевание и пастьбу скота на правобережье р. Яика.
Одной из причин безболезненного изъятия земель в пользу казаков явились разногласия и вражда степной аристократии. Принимая во внимание многочисленные ходатайства казахских старшин Младшего жуза, в 1757-1758 гг. П.И. Рычков и А.Тевкелев разрешили казахам переходить через Урал. Однако это разрешение было отменено новым оренбургским губернатором А.Г.Давыдовым. Правительство, создавая крепости на правобережье Иртыша запретило казахам приближаться к ним на 10, а затем на 50 верст. При основании крепостей здесь были поселены драгуны, казаки из башкир и ссыльные. В 1760 г. к линейным казакам были присоединены донские и башкирские казаки. В 1799 г. указом императора Павла I казахам Среднего жуза было разрешено переходить на правый берег Иртыша для кочевания, чем воспользовались 45 000 семей казахов Среднего жуза.