Хотя большинство территорий Младшего и Среднего жузов в конце XVIII — начав XIX в. вошло в состав России, часть казахских земель оставалась зависимой от среднеазиатских ханств. Казахские роды, зимуя в хивинских и кокандских владениях, на летние кочевья прибывали в районы, подчиненные России. И российские власти, и среднеазиатские ханства собирали с кочевников подати. Хивинское и Кокандское ханства, опираясь на поддержку Англии, совершали походы на казахские земли. В 1820 гг. хивинский хан Мухаммед-Рахим с 10-тысячным войском разорил около 2000 казахских аулов.
Восстание 1821 г. под предводительством Тентек-торе носило освободительный характер, было направлено против Коканда. Количество повстанцев в превышаю 10 000 человек. Восстание охватило окрестности Туркестана, Шымкента, Аулие-Аты. Повстанцы превратили крепость Сайрам в базовый лагерь. Восстание было жестоко подавлено. Южный Казахстан и Семиречье поддерживали торговые и политические связи с пограничными районами России.
Надежная экономическая связь усиливала доверие к России. Складывались политические предпосылки для вхождения Семиречья в cocтав России. Еще в 1817 г. султан Суйк Абылайулы принял российское подданство вместе с 66 тыс. человек племени жалаир. Если в начале XIX в. хивинские и кокандские ханы ограничивались набегами на казахов и киргизов, то в 30-40-е годы они пытаются предотвратить вхождение юга Казахстана в состав России или хотя бы задержать этот процесс. Гарантом усиления влияния России на юге Казахстана стало строительство военных крепостей. Укрепления Актау, Алатау, Капал, Сергиополь, Лепсинск стали опорными пунктами России для продвижения в Заилийский край. В 20-30-х годах XIX в. был создан Азиатский комитет. Для прекращения стычек родоправителей и защиты интересов империи от генерал-губернатора Западной Сибири П.М.Капцевича потребовали отправки воинских отрядов в Старший жуз. Отряд из 120-ти казаков возглавил комендант Ямышевской крепости подполковник В.Ж.Шубин.
В 1825 г. казахи Уйсунской волости численностью в 50 000 человек дали согласие на открытие округа. Приход русского отряда летом 1846 г. в долину р. Кызылагаш. строительство укрепления Капал в 1847 г. ускорили обращение во власть Российской империи казахов в междуречье Лепсы и Или, а также 40 000 киргизских семей с манапами Жантаем, Жангаром и Ормоном. В январе 1848 г. в Старший жуз был назначен российский пристав. Пользуясь антикокандскими настроениями казахов южных районов и киргизов, сюда продвигаются русские отряды. Крепость Таушубек — опорный пункт кокандцев в низовьях р. Каскелен сдалась отряду подполковника Карбышева в 1851 г. На западе военные действия под командованием оренбургского генерал-губернатора завершились в 1853 г. взятием крепости Ак-Мечеть. Открывался путь для продвижения в Заилийский край. Предложения Западно-Сибирского генерал-губернатора Г.Гасфорта о соединении Сырдарьинской и Сибирской военных линий получили одобрение. В 1854 г. Гасфорт поручил возвести несколько пикетов между реками Коксу и Или в 1858 г. Пристав Старшего жуза майор М.Перемышельский на месте впадения р. Талгар в р. Или. в 1853 г. возвел Илийский пикет, а в 1854 г. основал укрепление Верный на месте казахского поселения Алматы. Возведение укрепления Верный повлияло на жизнь киргизов, в 1855 г. киргизский род буты принял подданство России. Через Верный распространялось экономическое и политическое влияние России в долинах рек Чу и Талас. Перевод в 1855 г. пристава Старшего жуза из Капала в Верный сделало Верный главным поселением Семиреченского края. В 1857 г. в районе Татарской слободки была построена первая водяная мельница В 1858 г. пивоваренный завод положил начало местной промышленности. Верный превратился в один из центров сосредоточения переселенцев в Семиреченском крае. Известные ученые-путешественники П.Л.Семенов-Тян-Шанский, Н.М.Лржевальский, И.А.Северцов посещали Верный. В 60-х годах XIX в. здесь некоторое время жил и Шокан Уалиханов. Возведение укрепления Верный в 50-х годах XIX в. ускорило присоединение южных областей Казахстана и киргизских земель к России. Для усиления давления на Кокандское ханство и укрепления политического влияния в долину р. Чу были направлены русские отряды. Батыр Сураншы. батыр Шаян, Жайнак 6и встретили русский отряд с почетом, рассматривая его как союзника в борьбе с кокандцами. Возведенное в 1859 г. в пограничном районе Старшего жуза и Северного Киргизстана Укрепление Кастек стало одним из опорных пунктов России в этом регионе. В 1860 г. отряд под полковника Циммермана вошел в Чуйскую долину, был взят Токмак и Пишпек. Султан Садык, сына Кенесары, боролся против русских войск. 19-21 октября 1860 г. вблизи Узынагаша кокандские войска были разбиты начальником Алатауского округа Г.А. Кашаковским. Узынагашская битва показала военную слабость Коканда. Казахи от Аулие-Аты, Шымкента и Ташкента стали откочевывать в районы, уже вошедшие в состав Российской империи. В 1863 г. российское подданство приняли 4000 семей рода конырат и 5000 семей рода бестанбалы. В октябре 1862 г. русскими войсками вторично был взят Пишпек. Новое мощное наступление русских войск началось весной 1864 г. Из Верного вышли войска полковника Черняева, которые штурмом взяли Аулие-Ату, Ак Мечеть, Туркестан Мерке.
Для сопротивления русским кокандский правитель Алимкул пытался заключить союз с Хивой и Бухарой, но безуспешно. 22 сентября 1864 г. взят Шымкент. Весной 1865 г. бухарский эмир развернул военные действия против Коканда Используя благоприятную обстановку, русские войска в июле 1865 г. овладели Ташкентом — крупным политическим и экономическим центром всего Туркестана. В 1866 г. часть владений бухарского эмира были захвачены, казахи на севере Бухарского эмирата признали власть России. По соглашению 1868 г, казахские территории, ранее подчинявшиеся Коканду, отошли к Российской империи и были подчинены туркестанскому генерал-губернатору. Таким образом, поражение Коканда и Бухары (1868 г.), Хивы (1873 г.) означали полный выход казахов из-под власти этих государств и принятие ими российского подданства Решающие события произошли в 1864-1865 гг.; присоединение Казахстана к России было завершено. Этот процесс в начался в 30-х годах XVIII в. и занял полтора столетия.