В XVI—XVII вв. развитие экономических и культурных связей казахов со среднеазиатскими народами способствовали интенсивному распространению и усилению влияния ислама в Казахстане. Проводниками ислама в рассматриваемый период прежде всего выступали среднеазиатские миссионеры из Туркестана и Мавераннахра, Хаджи-Тархана и Дербента, Хорезма, Хивы, Астрабада, Хорасана и Ирана. В свою очередь казахские купцы посещали мусульманские страны, приобщаясь к исламскому вероучению. Многочисленные примеры из письменных источников свидетельствуют о Лиховом приобщении казахов к исламу.
Казахи в этот период читали Коран, совершали молитвы, соблюдали пост, совершали мусульманский обряд бракосочетания, обучали своих детей в мусульманских школах. Ислам в Казахстане, особенно в его южных районах, постепенно становится господствующей религией в казахском обществе. Кочевой образ жизни затруднял постройку специальных зданий для богослужения, организацию постоянно функционирующих религиозных учреждений и формирование постоянного духовенства. Молитвы могли совершаться в любом месте, а недоступность большинству населения Корана и книг на арабском языке компенсировалась тем, что казахи следовали каждому слову проповедника и под его руководством исполняли религиозные обряды, заучивали предписания исламского вероучения.
Конечно, языческие традиции у казахов в XVI—XVII вв. были еще сильны. Согласно письменным источникам, казахи одновременно совершали пояснение идолам и солнцу и в то же время становились на молитву в часы намаза. Вследствие этих поступков и действий они в глазах мусульманских Цреров нередко считались вероотступниками. Но со временем основы исламского вероучения и обрядности становились доступными все более широкому кругу казахского общества. Как отмечал Сейфи, «Соседи киргизов — их 200 000 семейств; они мусульмане, придерживаются толка Имама Ирама». Народом «магометанской веры» называет казахов Индийский путешественник А. Дженкинсон, посетивший Центральную Азию 1558-1560 гг.
Наряду с крупными среднеазиатскими религиозными центрами — Бухарой, Ташкентом, Хивой — в распространении ислама у казахов значительную роль играли суфийские миссионеры, многие поколения которых занимались утверждением ислама среди центральноазиатских кочевников. Активной миссионерской деятельностью занимался известный среднеазиатский шейх Ходжа Искак Вали (ум. 1598 г.) — основатель черногорской линии ходжей внутри ответвления ордена накшбанди — ходжагон. Ходжа Искак Вали был сыном Ахмада Ходжагийа Касани (Махдум-и Азам), которому приписывается обращение в ислам языческих народов Восточного Туркестана. Ходжа Искак воспитывался учеником и преемником своего отца — Лутфуллой Чусти (ум. 1571 г.), известного в преданиях как подвижник и чудотворец, заботившийся о распространении ислама среди кочевников Средней Азии. Между Ходжа Исхаком Вали и его братом Мухаммадом Амином (Ишан-и Калан) велась борьба за право руководства мюридами их отца — шейха-муршида всего ответвления накшбанди — ходжагон. В результате этой борьбы внутри орден, возникли две группировки — белогорская (актаглик), возглавляемая Ишан-и Каланом, и черногорская (каратаглик), возглавляемая Ходжа Исхаком. Последователи Ишан-Калана назывались ишкиййа, а последователи Ходжа Исхака — исакийа и отличались цветом шапок: белогорцы (актаглик) носили белые, а их противники (каратаглик) — черные, с чем и связаны названия этих партий. Образовавшиеся партии отличались не столько существом учения, сколько характером и качеством лиц, стоявших во главе их. Между духовными патронами-пирами этих, по существу религиозно-политических партий происходила борьба за светскую власть. Противоборство этих группировок охватило не только Среднюю Азию, но и казахские и киргизские степи. Эти партии продолжали существовать и во второй половине XIX в.