Основатель монгольской империи Темучин родился в 1155 году (по некоторым источникам, в 1162 году) в семье Есугей-батыра. Большую роль сыграл керейский хан Торы, при дворе которого Темучин воспитывался. В 1206 году состоялся курултай кочевой знати, на котором он был провозглашен великим всемонгольским ханом — Чингисханом. Чингисхан единолично управлял государством. Его окружали везиры, знающие письменность и иностранные языки. Он разделил империю на 95 административных туменов, по 10 тысяч воинов в каждом. Тумены состояли из аймаков. Каждая тысяча воинов делилась на сотни и десятки. Система управления войсками начиналась с десятков. Аймаками, туменами, тысячами правили ближайшие родственники Чингисхана и нойоны — представители монгольской знати. Вся Монголия подразделялась на три военно-административных аймака:
- Правое крыло (Барунгар),
- Левое крыло (Жонгар) и Центральное крыло (Кул).
Основным законом государства являлась «Яса». Она состояла из двух частей. Первая часть включала в себя слова назидания Чингисхана и неукоснительно выполняемые условия по управлению страной. Вторая часть содержала законы по военным и гражданским делам, установления по наказанию. По «Ясе» высшим органом государства был курултай. Он созывался раз в год в летнее время. На нем разрабатывались планы войны. В 1207-1208 годах старший сын Жошы (Джучи) подчинил енисейских кыргызов. В 1207-1209 годах Чингисхан захватил Тангутское государство, затем Турфанское уйгурское княжество. Напав на Китай в 1211-1215 годах, монголы переняли у китайцев осадные стенобитные и метательные орудия. В 1217 году Чингисхан направил в Жетысу, которым владел Кучлук хан. Монголы объявили свободу религии и право на исповедание людьми любой религии. Найманский хан Кучлук запрещал исполнение мусульманских обрядов. Воевавший с каракитаями с целью распространения ислама Арслан хан запросил помощи у военачальника монгольских войск Хубилая. Используя межрелигиозное противостояние, в 1218 году монголы вторглись в Жетысу. Воинам запрещалось грабить местное население, поэтому те не оказали сопротивления монголам. Многие города сдавались без боя. Город Баласагун прозвали «гобалык», то есть «Кротким». В 1218 году Чингисхан отправил в Отрар торговый караван из 500 груженных товарами верблюдов, в нем было 450 купцов. Заподозрив их в шпионаже, правитель Отрара Каир хан убил их и разграбил караван. Гибель каравана стала поводом для вторжения монгольских войск. В 1219 году со 150-тысячным войском Чингисхан с берегов Иртыша направился к Сырдарье. Тумены Чагатая и Угедея осадили Отрар, войско Жошы ушло для захвата городов в нижнем течении Сырдарьи. Чингисхан с младшим сыном Тулуем с основными силами войск пошел на Бухару. Отрар сопротивлялся 6 месяцев. 3 месяца оказывал сопротивление Сыгнак, а Ашнас — 15 дней. Отрар, Сыгнак и Ашнас были уничтожены. В 1219-1220 годах все присырдарьинские города полностью оказались под властью монголов. Несмотря на то, что население Жетысу не оказало особого сопротивления завоевателям, города и поселения были опустошены. Если до нашествия в этом крае насчитывалось 200 городов и поселений, то в XIII-XIV веках из них осталось всего около 20. Монгольское нашествие сопровождалось массовым истреблением людей, уничтожением материальных и культурных ценностей. Произошел упадок оседлой городской культуры. Было нарушено формирование казахской народности. Завоеванные территории Чингисхан поделил на улусы между четырьмя сыновьями. В улус Жошы (Джучи), старшего сына Чингисхана, вошли земли от Иртыша до Восточной Европы. После смерти Джучи в 1227 г улусом стал править его сын Боту (Батый). В улус Чагатая, второго сына Чингисхана, входили юг и юго-восток Казахстана (Жетысу) и Средняя Азия. Центром улуса являлся город Ал малы. Летняя ставка — в местности Куяш на берегу Или. В середине XIV века улус Чагатая распадается на Могулистан и Мавераннахр. В улус Угедея, третьего сына Чингисхана, входили Западная Монголия, Алтай, Тарбагатай, верхнее течение Иртыша В 1251 г. улус Угедея был ликвидирован. Младший сын Тулуй правил Монголией. После смерти Чингисхана в 1227 году, родственные отношения между его сыновьями были практически прекращены. После смерти в 1259 году великого монгольского хана Монке междоусобная борьба между потомками Чингисхана еще более обострилась.