Под влиянием антиколониальных восстаний, охвативших “зарубежный” мусульманский Восток, и проходивших под исламскими религиозными лозунгами, исламская религия для российских властей стала представлять потенциальную силу, угрожающую целостности империи. С конца XIX века упрочение позиций ислама в казахской степи уже не отвечало задачам российской колониальной политики, опасавшейся к тому же распространения “мусульманского фанатизма” и “сепаратизма”, участившихся контактов местных мусульман с Османской Турцией.
В результате, любые попытки религиозной активности стали интерпретироваться как пропаганда “панисламизма”. В его основе лежала идея единства мусульман, вне зависимости от места проживания, с подчинением единому духовному правителю мусульман, османскому султану, ставшая популярной в определенных кругах мусульманских реформаторов на Востоке в начале XX века.
В рамках борьбы с панисламизмом были предприняты действия, как на законодательном уровне, так и практические действия, призванные ограничить религиозную свободу мусульман. Например, в кратком отчете о настроении мусульманского населения в Туркестанском крае к октябрю 1914 г., написанном на имя Туркестанского генерал-губернатора, сообщается о распространении среди мусульман империи фанатического движения панисламизма, который ставит задачу, как пишет автор этого отчета, “сплочения всех сознательных мусульман для политической борьбы с ныне существующим в империи государственным строем, который является в глазах панисламистов главной препоной к национальному самоопределению магометан (мусульман А.С.)”. Соответственно, начиная с 80-х годов XIX века, политика России по отношению к исламу становится более жесткой, и неприкрытой становится ориентация на “торжество идеи русского национализма” (18. ЦГА РК, Ф.338, оп.1, дело 444, л.80.). Был принят ряд мер, значительно ущемлявших свободу духовно-религиозной жизни казахов. Согласно специальному постановлению, контроль над нею переходил из ведения Министерства Иностранных дел к Министерству Внутренних Дел России, т.е. к полицейским органам. Были введены ограничения на создание мусульманских просветительских обществ, на совершение паломничества (хаджа) в Мекку. Выезд мусульман-казахов ограничивался еще в связи с тем, что путь в Мекку пролегал через Стамбул, откуда в то время велась активная пропаганда идей панисламизма и пантюркизма. К тому же действовал фактор непрекращающихся российско-турецких противоречий. Опасаясь распространения антироссийской исламской пропаганды из соседних Кокандского и Бухарского ханств, власти запретили их жителям проезд через территорию России.
Но главное внимание было отдано сфере народного образования. В частности, с целью ограничения сферы исламского образования. Российские власти понимали, что именно в ней воспроизводится исламская культурная традиция и, как указывалось в российских официальных источниках: “необходимо превратить (мусульманскую школу) в русскую школу” (19. ЦГА РК. Ф.44.оп.1,д.4183, л.2.). Поэтому, следуя этой политике, власти, рассматривали как очевидную альтернативу мусульманскому образованию светские русско-казахские (русские) учебные заведения различных уровней. Были и другие требования, на первый взгляд, малозначимые, но в действительности глубоко задевавшие религиозные чувства мусульман. Так, российская администрация настаивала на обязательной установке в мектебах и медресе портретов императора, не считаясь с тем, что в официальном исламе категорически запрещено изображать человека.