Для представителей этого класса характерно наличие одного или нескольких жгутиков — выростов цитоплазмы. У эвглены зеленой (19) веретеновидное тело покрыто тонкой, но плотной оболочкой, способствующей сохранению ее формы. От переднего конца тела отходит длинный тонкий жгутик. Вращая им, эвглена передвигается как бы ввинчиваясь в воду.
В цитоплазме эвглены располагаются ядро и несколько окрашенных овальных телец — хроматофоров, содержащих зеленое вещество — хлорофилл. Поэтому на свету эвглена питается как зеленое растение (автотрофно). Пищеварительные вакуоли при этом способе питания не образуются. Находить освещенные места эвглене помогает светочувствительный глазок. При длительном содержании эвглен в темноте хлорофилл исчезает, фотосинтез прекращается и эвглена переходит к питанию готовыми органическими веществами, всасывая их из воды всей поверхностью тела. Дыхание, размножение делением и образование цисты сходны с таковыми амебы.
Среди жгутиковых встречаются и колониальные виды, примером которых является вольвокс. Его колония имеет вид зеленого шарика диаметром 1 — 2 мм, заполненного студенистым веществом. Отдельные клетки вольвокса соединяются цитоплазматическими мостиками. Для колониальных жгутиковых характерна некоторая специализация клеток.
У колониальных жгутиковых клетки делятся несколько раз, образуя новые колонии.